घनी आबादी वाले क्षेत्रों या संभावित तीसरी लहर में एक कोविड -19 के प्रकोप का पता लगाने के लिए, भारत सीवेज निगरानी कार्यक्रम को नियोजित करेगा जिसमें मानक आरटी-पीसीआर परीक्षण के माध्यम से SARS-CoV-2 वायरस के लिए उपचार संयंत्रों तक पहुंचने वाले सीवेज के पानी का परीक्षण शामिल है. जैव प्रौद्योगिकी विभाग ने एक विस्तृत सीवेज निगरानी योजना तैयार की है. यह योजना 35 जीनोम अनुक्रमण प्रयोगशालाओं के एक नेटवर्क, भारतीय SARS-CoV-2 जीनोमिक्स कंसोर्टियम (INSACOG) के माध्यम से शुरू की जाएगी.

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इस तकनीक में किसी भी संभावित कोविड -19 प्रकोप का पता लगाने के लिए अपशिष्ट जल उपचार संयंत्र सुविधा में उच्च घनत्व वाले क्षेत्रों में कॉलोनियों के अपशिष्टों का परीक्षण करना शामिल है. अपशिष्ट जल आधारित महामारी विज्ञान का उपयोग भारत में सीमित तरीके से किया गया है. हैदराबाद स्थित CSIR- सेंटर फॉर सेल्युलर एंड मॉलिक्यूलर बायोलॉजी (CCMB) ने वायरल प्रसार का पता लगाने के लिए अपशिष्ट जल निगरानी का उपयोग किया था.

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हालाँकि, यह कभी भी एक पूर्ण निगरानी कार्यक्रम नहीं था। INSACOG लैबोरेटरी से जुड़े एक वैज्ञानिक ने ET को बताया, 'वेस्ट वॉटर सर्विलांस प्रोग्राम के नतीजों से पता चला कि वायरस के लिए टेस्ट किए गए गंदे पानी के सैंपल पॉजिटिव थे, लेकिन ट्रीटमेंट के बाद प्लांट के बाहर इकट्ठा किए गए सैंपल नेगेटिव थे. इससे पता चला कि सीवेज ट्रीटमेंट ने SARS को खत्म कर दिया। -सीओवी-2 वायरस."

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विशिष्ट क्षेत्रों में फैलने की भविष्यवाणी करने के लिए कई देशों द्वारा अपशिष्ट जल आधारित महामारी विज्ञान का उपयोग किया जा रहा है. अमेरिका में कोरोना वायरस पर नज़र रखने के लिए राष्ट्रीय अपशिष्ट जल निगरानी कार्यक्रम है. इसी तरह की तकनीकों का इस्तेमाल करने वाले अन्य देशों में ऑस्ट्रेलिया, ब्राजील, नीदरलैंड और स्पेन शामिल हैं.