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हंतावायरस से संक्रमित लोगों की मौत से पहले का कोई निश्चित "ठहरने" का समय तय नहीं है; यह संक्रमित व्यक्ति के शरीर में मौजूद वायरस के प्रकार (strain), उसकी सेहत और उसे मिल रहे इलाज पर निर्भर करता है।

इन्क्यूबेशन: संक्रमण के संपर्क में आने के बाद लक्षणों के उभरने का इन्क्यूबेशन पीरियड 1-8 हफ़्ते का होता है (ज़्यादातर मामलों में यह 2-4 हफ़्ते का होता है)। शुरुआती लक्षण आम ज़ुकाम (common cold) जैसे ही होते हैं, लेकिन ये उससे कहीं ज़्यादा गंभीर होते हैं। इन लक्षणों में बुखार, थकान, मांसपेशियों में दर्द, सिरदर्द, चक्कर आना और कभी-कभी जी मिचलाना या दस्त लगना शामिल हो सकता है।

गंभीर बीमारी: यदि संक्रमण बढ़कर हंतावायरस पल्मोनरी सिंड्रोम (HPS) का रूप ले लेता है—जो कि इस बीमारी का सबसे गंभीर चरण है—तो शुरुआती लक्षण कुछ दिनों के लिए बेहतर हो सकते हैं, लेकिन फिर अचानक से बहुत ज़्यादा बिगड़ जाते हैं। शुरुआती लक्षणों के 4-10 दिनों बाद मरीज़ को खांसी और सांस लेने में अत्यधिक तकलीफ़ होने लगती है। ऐसा फेफड़ों में तरल पदार्थ (पानी) जमा हो जाने के कारण होता है, जिसके परिणामस्वरूप मरीज़ की सांस लेने की क्षमता पूरी तरह से खत्म हो जाती है (रेस्पिरेटरी फेलियर) और उसे जानलेवा सदमा (shock) लग सकता है। मृत्यु का समय: कुछ लोगों की मृत्यु सांस लेने में तकलीफ़ शुरू होने के कुछ ही समय बाद हो जाती है, आमतौर पर 24-48 घंटों के भीतर। HPS से पीड़ित लगभग 38% लोगों की मृत्यु हो जाती है। सहायक देखभाल (कोई एंटीवायरल इलाज उपलब्ध नहीं है) मिलने पर, जो लोग गंभीर दौर से बच निकलते हैं, वे आमतौर पर कुछ हफ़्तों से लेकर महीनों में ठीक हो जाते हैं।

शुरुआती दौर में ही गहन देखभाल और अस्पताल में भर्ती होना, जीवित रहने की संभावनाओं को काफ़ी हद तक बढ़ा देता है। हंटावायरस, भले ही दुर्लभ हो, लेकिन यह एक बहुत ही गंभीर बीमारी है: यदि चूहों या कृंतकों के संपर्क में आने का ज़रा भी संदेह हो, तो तुरंत इलाज शुरू कर देना चाहिए।